El Masai Mara es famoso por su población de leones y por ser el hogar de especies amenazadas tales como el rinoceronte negro, el hipopótamo que se encuentra en los ríos Mara y Talek, y el guepardo, habiéndose reducido notablemente el número de ejemplares de este último. Otro carnívoro que puede ser encontrado en gran número es la hiena manchada.
Sin embargo, el verdadero poblador de este parque es el ñu, como ocurre en el Serengueti, ya que su número es estimado en millones. Todos los años, en el mes de julio, estos animales, igual que las cebras, migran desde las planicies del Serengueti en busca de pastos más frescos y regresan en octubre. Especies de ungulados viven en este parque como la gacela de Thomson y la gacela de Grant o el impala, y se encuentran igualmente manadas de jirafas.
El Masai Mara es también el hogar de más de 450 especies de aves.
Está administrado por el gobierno de Kenia, y tiene unidades contra la caza furtiva, situadas fuera de las zonas frecuentadas por los turistas.