El parque puede dividirse en cuatro áreas, cada una correspondiente a un ecosistema:
1: Área de Serondela. Situada en el extremo nordeste del parque, ocupa el lecho de inundación del río Chobe. Es la zona más visitada del parque, ya que aquí vienen a beber los elefantes, hay hipopótamos y pueden verse jirafas, antílopes y leones.
2: Área de Savuti. Como contraste con la anterior, es una más zona desértica, a occidente del parque. Está divida en varias partes. Posee una zona inundable, la parte más baja de la depresión de Mababe, conocida como "pantano de Savuti". Las "colinas de Savuti" están formadas por cerros testigo de origen volcánico, relacionados con la actividad volcánica del Valle del Rift. Se cree que la ladera oriental de las colinas, muy vertical, lindaba con el antiguo lago del Okavango, de 60.000 kilómetros cuadrados. En esa orilla se encuentra la cresta arenosa de "Magwikhwe", que se habría formado junto al lago, y que también forma parte de Savuti.
3: Área de Linyanti. Situada en la esquina noroeste del parque y al norte de Savuti, sigue el río Linyanti. Es una zona pantanosa donde se concentran numerosos animales. Está rodeada de zonas de caza.
4: Área de Nogatsaa/Tchinga. Situada entre los valles de Linyanti y Savuti, es una zona más alta y seca, no muy espectacular, donde abunda el mopane (típico árbol de la zona), y donde se pueden ver elands (Oryx) y en la época de lluvias se refugian los animales.